API

• TFcomb.preprocessing module
  • oracle_preprocess()
  • pca_umap_train()
  • pca_umap_vis()
• TFcomb.tools module
  • GAT_recover_links()
  • GRN_Dataset
    • GRN_Dataset.adata_part
    • GRN_Dataset.tf_GRN_mtx
    • GRN_Dataset.tf_list
    • GRN_Dataset.graph
    • GRN_Dataset.process()
    • GRN_Dataset.__getitem__()
    • GRN_Dataset.__len__()
    • GRN_Dataset.process()
  • TF_inference()
  • get_GRN_parameters()
  • get_benchmark_score()
  • get_de_genes()
  • get_directing_score()
  • get_multi_TF()
  • get_percentile_thre()
  • get_single_TF()
  • import_TF_data()
  • select_add_TF()
• TFcomb.plotting module
  • get_gene_color_dict()
  • plot_GRN()
  • plot_coef()
  • plot_score_comparison()